在田丰的提议下，刘圣们先在贼寨落脚，整编和训练部队，再作打算。
贼寇被灭的消息传的很快，附近几个村镇的青壮纷纷来投，刘圣见粮草充足，将部队扩冲为5000人，由关羽，张飞，典韦，张郃，于禁各领一千，300勤部队，108人为刘圣亲卫队，同时帮助训练新兵，选了200人作为工匠的学徒，为刘圣打造兵器。刘圣收拢附近有用的孤儿，组成了505人的少年军，刘圣将亲自训练。
由于山寨处在常山脚下的密林之中，现在时局又混乱不堪，所以没人顾忌刘圣，刘圣也暂时负起保卫附近村镇之责。
刘圣将全部人马集中于校场之上，望着将近6000余人的队伍，他们刚刚参军，又没有经过统一的训练，大多还是贼兵投诚而来，加上兵器，铠甲的不统一，看上去精神不振，有气无力的样子。
经过两场大规模的战斗，刘圣深深爱上了古代冷兵器时代的战争，幻想着指挥千军万马，决战疆场的快感，现在刘圣要做的将眼前这支散漫的队伍训练为一支强有力的军队，但单单靠训练是不够的，还要给他们动力来支持他们。
刘圣走到高台前沿，声音中含有内劲的道“今天下烽火四起，朝纲不振，宦官当道，黄巾猖獗，外寇为患。使百姓沦为水火之中，所谓兴，百姓苦，亡，百姓也苦，为什么迫害的总是百姓们？因为他们无能！乱世就是以强者为尊，弱肉强食为铁律，没有实力永远被人欺压，你们也是其中之一。”
刘圣停顿了一下，看了看台下，见到他们之中有人是一副深有体会的样子，有人是一副无奈的样子，有人是一副气愤的样子，刘圣加重了声音道“现在我将给你们实力和机会，看看你们面前这些人，四月之前他们和你们一样都是普通的百姓，受着压迫。”说完一指台下负责警备的黑甲士兵。
台下的人一阵大哗，他们之中有些人见过黑甲军的战斗，黑甲军的实力，早被传的神乎其神了，又很多人就是冲着他们而来的。现在听闻他们指参加了军队四个月，心中能不震惊吗？
待他们安静下来刘圣继续道“接下来我也将对你们进行一样的训练，那将是最严格，最残酷的训练，如果觉得会自己受不了，现在就退出，立刻离开这里继续当你们的小老百姓，一旦训练开始，将没有人能离开！现在有没有人想要走的？”
“没有”全场统一的回答。
刘圣提高了声音“再问一遍有没有？”
“没有”全场更为发出响亮回答。
“好！只要你们能熬过训练，我刘圣保证你们将有实力立足于这个乱世，得到一切你们应得的东西，我刘圣的部队是以实力来作为标准的，有实力的谁都能成为队长和将领。”
台下一阵兴奋之色，接着刘圣宣布军队的编制和军法，部队由于没有朝廷任命刘圣运用了新的编制，十人设一十夫长，百人设百夫长，千人设千夫长，五将分为千夫长，并下令全军练兵半年，在半年后将进行校场比武，优胜者有重赏还可获得军职所有十夫，百夫长都将在比武后选出，只有百夫长配有明光甲和马匹。
军法方面因为他们大多都是黄巾，盗贼收编而来的，所以刘圣将军法订的异常严厉，一共有十条：
一，不遵号令者。杀！
二，贪生怕死者。杀！
三，贻误军机者。杀！
四，*掳掠，杀人放火者。杀！
五，克扣军饷者。杀！
六，谎报军情者。杀！
七，泄漏机密者。杀！
八，擅离职守者。杀！
九，蛊惑军心者。杀！
十，非法斗殴者。杀！”
听到十个杀字，台下众人一脸害怕之色，刘圣又宣布了军队的粮饷来鼓励他们一下，军饷一般士兵没有军饷，十夫长为500铢钱，百夫长为1000铢钱，千夫长为2000铢，黑甲士兵为4000铢钱，现在除了黑甲士兵和几个将领有饷银外，其余的人在半年之内是没有，半年之后以比武来决出职位，再给以饷银。
这些士兵一听原来的粮饷外，还有可能拿到饷银，各自兴奋不已，而且军中的职位都是靠自己的努力来换取，早就兴奋的忘了恐怖的军法了，全身上下热情四溢都在心中盘算着自己的将来了。
田丰为军师，总管理全军所有后勤事务的安排，顺便寻找和培养一批低级的军官；简雍主管理钱财和粮草，田豫管理军械，
现在刘圣的部队共有7000左右的金币，粮草可支持万人的队伍2年半之用；现有工匠220人，刘圣让田豫以每月500铢钱的工资从附近招收1000名工人帮助生产，为了保密刘圣又传授田豫流水线工作的办法；要求暂生产的明光甲足够装备到十夫长一级就可以了，注重于制造弓弩，新式环手刀，以及500个孩子的特殊装备，一般士兵的铠甲以皮甲为主，全军有马匹1350匹，刘圣在附近又买了些，凑足1500匹，让部队轮流训练骑术，要求马鞍和马蹬装备全部马匹；朱建平则为刘圣外出探索人才，刘圣给了他200金，十四个黑甲保镖以及一份秘密的人才名单，让他注意一下，有机会就收为己用。
刘圣传下特种部队训练之法和破戒刀法，内功只传了基本的吐纳之法，只有近卫军和将领们能学到更高深的内功心法。
当时一般将领都有自己的曲部，现在被刘圣取消了，但给了每个人手下1千士兵，以后将更多，使将领们兴奋了一阵，特别是张飞在得知有一千手下后，兴奋的手舞足蹈，刘圣提醒了他不要无故责打士兵，因为历史上他是被手下所杀的，与张飞的兴奋不同，典韦则愁眉苦脸，他跑来对刘圣说他只擅长习武，不会带兵，现在一下子要带1千人更是没辙，想在刘圣身边作近卫，刘圣劝告他谁一出生就会带兵打仗的，可以慢慢学吗，刘圣又让田丰从旁指点典韦，张飞等人领军之要，实在不行的话刘圣会再安排人选的，这才让典韦安心下来。
军中安排妥当后，同时安排训练500个孩子忍术。
训练分为5部分平衡，灵敏，耐力，内功和武艺。
平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上、屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
灵敏的训练也是如此跳过插着刀片的绳子，在布满利刃、枪尖的狭道中拐弯抹角急速穿行。
耐力的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭，刘圣还传授了武当纵云梯的轻功。
内功是心意气混元功：又称“少阳神功”，刘圣只传了基本运气之法，从小开始培养他们内力基础，将来经过考察后再传更深之法。
武艺则传授了拔刀术，如何使用手里剑，撒菱，忍刀，吹矢，忍杖，水蜘蛛等忍者专用武器以及一套特种部队攀爬的套装（刘圣让工匠特别打造了忍者的武器）。
这些训练刘圣选了原108人其中5人，每人训练一项，将505个孩子分为5组，轮流训练，所以只有受训之人才了解全程，不许外传训练方法。至于忍者的特殊技投毒，易容，隐匿术刘圣没有先教他们。同时还制定了忍者的戒律：
1，不准滥用忍术。（刘圣训练忍者是秘密进行的，只有有限几人知道，其他人只是认为刘圣收养孤儿培养将来的军队而已。）
2，舍弃一切尊严，以保命为主。
3，必须守口如瓶，即使失去生命。
4，绝对不许泄漏身份，这是最基本的。
5，绝对忠于主人，也就是刘圣，如有背叛将受到全体忍者的追杀，最后被凌迟而死。
6，决不多问问题，刘圣的命令就是一切，不需要知道理由。
忍者是刘圣手里重要的工具，所以刘圣对他们进行了略带催眠性的忠诚教育，刘圣必须保重他们绝对的忠诚。
三个月的时间很快就过了，三月中刘圣主要以训练忍军为主，为5个孩子打通了任督二脉以便他们更快的提高功力，以便更好的修炼易筋经。同时指点了5个将领的武艺，传授了以练气为主的太虚真经，军队训练则完全以原来的方法训练，除了内功，只有入选刘圣亲卫队和将领们才有机会学全，内功禁止外传，一经查出，五马分尸。
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